Puerto de Morro Jable constitue le port en eau profonde le plus au sud de Fuerteventura, un point d'embarquement stratégique pour les excursions marines dans l'Atlantique depuis l'agrandissement de sa jetée commerciale en 1987. Le port se situe au terminus de la route côtière FV-2, où l'intérieur aride de la péninsule de Jandía rencontre les pentes volcaniques sous-marines du Banco de la Concepción, un plateau sous-marin s'étendant à 30 kilomètres au large. Cette crête submergée crée des remontées d'eau riches en nutriments qui soutiennent des populations permanentes de globicéphales tropicaux, de grands dauphins, ainsi que des espèces migratrices saisonnières, notamment les rorquals de Bryde et les dauphins tachetés de l'Atlantique. Les excursions en bateau à Morro Jable à Fuerteventura partent du quai ouest du port, où une flotte de catamarans, de voiliers et de semi-rigides maintient des horaires quotidiens entre 09:00 et 18:00. Les départs matinaux entre 09:00 et 11:00 coïncident avec l'activité maximale des cétacés, lorsque les mers plus calmes et la lumière oblique améliorent la visibilité en surface. Le corridor marin entre Fuerteventura et Gran Canaria fait partie de la route de migration des cétacés des îles Canaries, désigné site du patrimoine mondial des baleines par l'UNESCO en 2021. Les biologistes marins estiment que 28 espèces de cétacés transitent par ces eaux chaque année, avec des groupes résidents de globicéphales comptant environ 250 individus. Le port remplit une double fonction : les opérations de pêche commerciale occupent les quais est, tandis que les navires de plaisance dominent la marina ouest. Les voyagistes disposent de droits d'amarrage exclusifs accordés par l'autorité municipale de Pájara, qui réglemente le trafic maritime afin de minimiser les perturbations dans la zone marine protégée s'étendant sur 12 milles marins du rivage. Des naturalistes certifiés par l'Institut des sciences marines des Canaries fournissent, à bord, une identification des espèces et une interprétation comportementale pendant les excursions de trois à quatre heures. Les arrêts pour la plongée en apnée ont généralement lieu dans des baies abritées le long de la côte de Jandía, où des formations volcaniques sous-marines et des espèces endémiques, notamment des poissons-perroquets, des barracudas et occasionnellement des tortues caouannes, habitent à des profondeurs de trois à huit mètres. L'emplacement du port permet un accès rapide à ces mouillages protégés, la plupart des navires atteignant les principaux sites de plongée en moins de 25 minutes après le départ. Les vents saisonniers favorisent des traversées plus douces au printemps et au début de l'automne, bien que les opérations soient maintenues tout au long de l'année avec des horaires de départ cohérents depuis les quais en béton du port.